Το πρόγραμμα σπουδών των Σχολείων Δεύτερης Ευκαιρίας είναι ευέλικτο και ανοιχτό, ώστε να ανταποκρίνεται στις ανάγκες και την καθημερινή πραγματικότητα των εκπαιδευομένων. Οι εμπειρίες που φέρνει ο καθένας από το περιβάλλον του αξιοποιούνται δημιουργικά στη μαθησιακή διαδικασία, κάνοντας τα μαθήματα πιο ζωντανά και ουσιαστικά.

Στόχος δεν είναι μόνο η απόκτηση βασικών γνώσεων και δεξιοτήτων, αλλά και η ανάπτυξη ικανοτήτων όπως:

• το πώς να μαθαίνω,
• η συνεργασία,
• η επικοινωνία και
• η ενεργή συμμετοχή στην κοινωνία.

Οι γραμματισμοί που διδάσκονται στο ΣΔΕ είναι:

• Ελληνική Γλώσσα
• Μαθηματικά
• Πληροφορική
• Αγγλική Γλώσσα
• Κοινωνική Εκπαίδευση
• Φυσικές Επιστήμες
• Περιβαλλοντική Εκπαίδευση
• Πολιτισμική – Αισθητική Αγωγή

Επιπλέον, το πρόγραμμα ενισχύεται από Συμβουλευτική Προσανατολισμού σε θέματα επαγγελματικής σταδιοδρομίας και Συμβουλευτική Ψυχολογία, ώστε να υποστηρίζονται οι εκπαιδευόμενοι όχι μόνο στο σχολείο, αλλά και στην προσωπική και επαγγελματική τους ζωή.